ATLAS Biolabs bietet Hochdurchsatz-SNP-Genotypisierung mittels Massenspektrometrie als neuen Service

April 2024

Freie-PM.de: Berlin, 23. Juli, 2010 - Mit der Einführung des MassARRAY® Compact Analyzers* der Firma Sequenom erweitert die ATLAS Biolabs GmbH ihr Serviceangebot in der molekulargenetischen Analytik. Das MassARRAY®-System wird zur Analyse von Nukleinsäuren auf der Basis der MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight) Massenspektrometrie eingesetzt und erlaubt einen hohen Probendurchsatz. Anwendungsgebiete sind die Validierung potenzieller Biomarker, die durch moderne Sequenzierungsverfahren identifiziert wurden, Feinkartierungen im Anschluß an genomweite Assoziationsstudien (GWAS) und das Screening definierter SNP-Panels. Neu entdeckte Biomarker können auf Grund der großen Flexibilität des Systems rasch in bestehende Biomarker-Panels integriert werden.

Die Massenspektrometrie kommt bei der molekulargenetischen Analyse mit sehr geringen Mengen genomischer DNA aus und liefert dennoch außerordentlich genaue quantitative Ergebnisse. Mit der MALDI-TOF MS lassen sich selbst Mutationen nachweisen, die mit einer geringen Häufigkeit im Genom vorkommen und mit anderen Methoden möglicherweise unentdeckt bleiben. Eine Genotypisierung kann dabei nicht nur mit frischem oder gefrorenem Ausgangsmaterial durchgeführt werden, sondern auch aus Gewebeproben, die in Formalin fixiert und in Paraffin eingebettet wurden (FFPE-Material). Konventionelle Methoden stoßen bei FFPE-Proben schnell an ihre Grenzen, weil die DNA aus Paraffinmaterial häufig stark degradiert ist und die Ausbeuten außerdem sehr gering sind.

"Wir sind stolz darauf, mit dem MassARRAY®-System unseren Kunden einen wertvollen Service anbieten zu können", sagte Professor Peter Nürnberg, Geschäftsführer der ATLAS Biolabs. "Das System ist eine ideale Ergänzung unserer bisherigen Serviceleistungen." Die MALDI-TOF MS eignet sich hervorragend für Untersuchungen im Anschluss an genomweite Assoziationsstudien, ein Bereich, in dem die ATLAS Biolabs mit ihrer Kompetenz bei der genomweiten SNP-Chiptechnologie von Affymetrix und Illumina zu den führenden europäischen Dienstleistern gehört. Zur schnellen Analyse von Onkogen-Mutationen in somatischen Zellen kann das MassARRAY®-System außerdem mit dem OncoCartä Panel System** kombiniert werden.

"OncoCartä ist das einzige SNP-Testsystem, das parallele Tests auf 238 Mutationen in 19 häufigen Onkogenen erlaubt", sagte Michael Monko, Marketing-Chef bei Sequenom. "Wir freuen uns sehr auf eine enge Zusammenarbeit mit ATLAS Biolabs und wollen damit sicherstellen, dass in Zukunft noch mehr Kunden in der Grundlagenforschung, in der klinischen Forschung oder in der Arzneimittelentwicklung von dieser innovativen Technologie profitieren können."

Das MassARRAY® System zur SNP-Genotypisierung
Die MassARRAY® Plattform wird zusammen mit dem iPLEX Gold Genotyping Assay** zur Feinkartierung bei der Genotypisierung eingesetzt. Das System bietet eine Software zum Design von Primern für die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) in Multiplex-Assays. In einer anschließenden Reaktion werden die Primer verlängert, um Sequenzunterschiede auf der Ebene einzelner Nukleotide nachzuweisen. Nach der Primerverlängerung werden die Proben auf Chips aufgetragen und in einem MALDI-TOF Massenspektrometer analysiert. Die Untersuchung eines Arrays mit 384 Positionen dauert üblicherweise 45-60 Minuten. Die Ergebnisse werden automatisch in einer Datenbank gespeichert und können bequem analysiert werden. Mit diesem System lässt sich jeder einzelne Reaktionsansatz parallel auf bis zu 40 Einzelnukleotid-Polymorphismen untersuchen; das entspricht einem Durchsatz von 150.000 Genotypisierungen täglich.

*Das MassArray-Analysegerät erfüllt die Sicherheitsanforderungen der EMC(Electro-Magnetic Compatibility)-Direktive und darf nur für Forschungszwecke, nicht für diagnostische Verfahren eingesetzt werden.

**Nur zu Forschungszwecken, nicht zum Einsatz in diagnostischen Verfahren.

ATLAS Biolabs GmbH
ATLAS Biolabs GmbH is a leading provider of complex analyses in molecular genetics, including microarray-based genomic services, targeted sequence capture and next-generation sequencing in Europe. The company has access to the DNA chip platforms of all leading companies in this field (Affymetrix, Agilent,Illumina, and NimbleGen) and is a Certified Affymetrix, Agilent and NimbleGen Service Provider. The German company was founded in 2006. Customers of ATLAS Biolabs include academic institutions, pharmaceutical and biotechnological enterprises as well as clinicians and registered doctors in and outside of Germany. For more information please access www.atlas-biolabs.de.

About Sequenom
Sequenom, Inc. (NASDAQ: SQNM) is a life sciences company committed to improving healthcare through revolutionary genetic analysis solutions. Sequenom develops innovative technology, products and diagnostic tests that target and serve discovery and clinical research, and molecular diagnostics markets. The company was founded in 1994 and is headquartered in San Diego, California. Sequenom maintains a website at www.sequenom.com to which Sequenom regularly posts copies of its press releases as well as additional information about Sequenom. Interested persons can subscribe on the Sequenom website to email alerts or RSS feeds that are sent automatically when Sequenom issues press releases, files its reports with the Securities and Exchange Commission or posts certain other information to the website.

ATLAS Biolabs
Florian Wagner
Friedrichstr. 147
10117 Berlin
+49 (0) 30/3 19 89 66-0

http://atlas-biolabs.de

Pressekontakt:
Mugele Kommunikation
Dr. Mugele Katrin
Kurfürstenstr. 170
10785
Berlin
press@mugele-kommunikation.de
030/7816869
http://mugele-kommunikation.de

Berlin, 23. Juli, 2010 - Mit der Einführung des MassARRAY® Compact Analyzers* der Firma Sequenom erweitert die ATLAS Biolabs GmbH ihr Serviceangebot in der molekulargenetischen Analytik. Das MassARRAY®-System wird zur Analyse von Nukleinsäuren auf der Basis der MALDI-TOF (Matrix Assisted Laser Desorption/Ionization Time-Of-Flight) Massenspektrometrie eingesetzt und erlaubt einen hohen Probendurchsatz. Anwendungsgebiete sind die Validierung potenzieller Biomarker, die durch moderne Sequenzierungsverfahren identifiziert wurden, Feinkartierungen im Anschluß an genomweite Assoziationsstudien (GWAS) und das Screening definierter SNP-Panels. Neu entdeckte Biomarker können auf Grund der großen Flexibilität des Systems rasch in bestehende Biomarker-Panels integriert werden.

Die Massenspektrometrie kommt bei der molekulargenetischen Analyse mit sehr geringen Mengen genomischer DNA aus und liefert dennoch außerordentlich genaue quantitative Ergebnisse. Mit der MALDI-TOF MS lassen sich selbst Mutationen nachweisen, die mit einer geringen Häufigkeit im Genom vorkommen und mit anderen Methoden möglicherweise unentdeckt bleiben. Eine Genotypisierung kann dabei nicht nur mit frischem oder gefrorenem Ausgangsmaterial durchgeführt werden, sondern auch aus Gewebeproben, die in Formalin fixiert und in Paraffin eingebettet wurden (FFPE-Material). Konventionelle Methoden stoßen bei FFPE-Proben schnell an ihre Grenzen, weil die DNA aus Paraffinmaterial häufig stark degradiert ist und die Ausbeuten außerdem sehr gering sind.

"Wir sind stolz darauf, mit dem MassARRAY®-System unseren Kunden einen wertvollen Service anbieten zu können", sagte Professor Peter Nürnberg, Geschäftsführer der ATLAS Biolabs. "Das System ist eine ideale Ergänzung unserer bisherigen Serviceleistungen." Die MALDI-TOF MS eignet sich hervorragend für Untersuchungen im Anschluss an genomweite Assoziationsstudien, ein Bereich, in dem die ATLAS Biolabs mit ihrer Kompetenz bei der genomweiten SNP-Chiptechnologie von Affymetrix und Illumina zu den führenden europäischen Dienstleistern gehört. Zur schnellen Analyse von Onkogen-Mutationen in somatischen Zellen kann das MassARRAY®-System außerdem mit dem OncoCartä Panel System** kombiniert werden.

"OncoCartä ist das einzige SNP-Testsystem, das parallele Tests auf 238 Mutationen in 19 häufigen Onkogenen erlaubt", sagte Michael Monko, Marketing-Chef bei Sequenom. "Wir freuen uns sehr auf eine enge Zusammenarbeit mit ATLAS Biolabs und wollen damit sicherstellen, dass in Zukunft noch mehr Kunden in der Grundlagenforschung, in der klinischen Forschung oder in der Arzneimittelentwicklung von dieser innovativen Technologie profitieren können."

Das MassARRAY® System zur SNP-Genotypisierung
Die MassARRAY® Plattform wird zusammen mit dem iPLEX Gold Genotyping Assay** zur Feinkartierung bei der Genotypisierung eingesetzt. Das System bietet eine Software zum Design von Primern für die Polymerase-Kettenreaktion (PCR) in Multiplex-Assays. In einer anschließenden Reaktion werden die Primer verlängert, um Sequenzunterschiede auf der Ebene einzelner Nukleotide nachzuweisen. Nach der Primerverlängerung werden die Proben auf Chips aufgetragen und in einem MALDI-TOF Massenspektrometer analysiert. Die Untersuchung eines Arrays mit 384 Positionen dauert üblicherweise 45-60 Minuten. Die Ergebnisse werden automatisch in einer Datenbank gespeichert und können bequem analysiert werden. Mit diesem System lässt sich jeder einzelne Reaktionsansatz parallel auf bis zu 40 Einzelnukleotid-Polymorphismen untersuchen; das entspricht einem Durchsatz von 150.000 Genotypisierungen täglich.

*Das MassArray-Analysegerät erfüllt die Sicherheitsanforderungen der EMC(Electro-Magnetic Compatibility)-Direktive und darf nur für Forschungszwecke, nicht für diagnostische Verfahren eingesetzt werden.

**Nur zu Forschungszwecken, nicht zum Einsatz in diagnostischen Verfahren.

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